全省水文机构实行垂直管理，管辖南京、镇江、常州、无锡、苏州、南通、扬州、盐城、淮安、徐州、连云港等11个水文分局，11个省水质监测分中心，以及泰州、宿迁两个水文勘测中心，省武定门水文实验站、水文科技教育中心及南京水利水文仪器厂。
省局机关内设10个科（室）：办公室、计划财务科、人事科、纪检监察室、经营科、站网技术科、水质监测科（挂省水环境监测中心牌子）、水情科、分析评价科和水文信息中心。经省编制委员会核定省局机关编制80人。